手工清除木馬病毒具體方法如下：

提示：以下修改注冊表等相關操作具備風險，請慎重操作。
1.清除每次開機時自動彈出的網頁
其實清除每次開機時自動彈出的網頁方法并不難，只要你記住地址欄里出現的網址，然后打開注冊表編輯器（方法是在點擊“開始”菜單，之后點擊“運行”，在運行框中輸入regedit命令進入注冊表編輯器），分別定位到：

HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Runonce下，
具體說來受到更改的注冊表項目為：
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Internet Explorer/Main/Window Title  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main/Window Title  
解決辦法：  
①在Windows啟動后，點擊“開始”→“運行”菜單項，在“打開”欄中鍵入regedit，然后按“確定”鍵；  
②展開注冊表到  
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Internet Explorer/Main下，在右半部分窗口中找到串值“Window Title” ，將該串值刪除即可，或將Window Title的鍵值改為“IE瀏覽器”等個人喜歡的名字；
③同理，展開注冊表到  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main  
然后按②中所述方法處理。  
④退出注冊表編輯器，重新啟動計算機，運行IE，問題已經解決。 

①打開“開始”菜單，單擊“運行”，在運行框中輸入regedit命令。  
②在注冊表編輯器中有五個主要的鍵值，請您按照下面順序一步一步打開下面的文件（在所指的文件夾上雙擊或單擊在文件夾前面的十字符號）。  
③具體順序是：  
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion  
/Policies/Ratings  
在您打到Ratings文件夾后會看到在右面的窗口中有key鍵值，直接在這個鍵上點右鍵，之后選刪除，然后關閉注冊表編輯器即可。  
 
4. 篡改IE的默認頁  
具體說就是以下注冊表項被修改：  
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main/Default_Page_URL  
“Default_Page_URL”這個子鍵的鍵值即起始頁的默認頁。  
解決辦法：  
運行注冊表編輯器，然后展開上述子鍵，將“Default_Page_URL”子鍵的鍵值中的那些篡改網站的網址改掉就行了，或者將其設置為IE的默認值。  
  
5. 修復被鎖定的注冊表  
可以自己動手制作一個解除注冊表鎖定的工具，就是用記事本編輯一個任意名字的.reg文件，比如recover.reg，內容如下：
窗體頂端  
REGEDIT4  
[HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/System]  
"DisableRegistryTools"=dword:00000000  
窗體底端  
要特別注意的是：如果你用這個方法制作解除注冊表鎖定的工具，一定要嚴格按照上面的書寫格式進行，不能遺漏更不能修改（其實你只需將上述內容“復制”、“粘貼”到你機器記事本中即可）；完成上述工作后，點擊記事本的文件菜單中的“另存為”項，文件名可以隨意，但文件擴展名必須為“.reg”,然后點擊“保存”。這樣一個注冊表解鎖工具就制作完成了，之后你只須雙擊生成的工具圖標，其會提示你是否將這個信息添加進注冊表，你要點擊“是”，隨后系統提示信息已成功輸入注冊表，再點擊“確定”即可將注冊表解鎖了。  

  
  HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel  
"Settings"=dword:1  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel  
"Links"=dword:1  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel  
"SecAddSites"=dword:1  
解決辦法：上面這些DWORD值改為“0”即可恢復功能。 

這是由于注冊表HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel  
下的DWORD值“homepage”的鍵值被修改的緣故。原來的鍵值為“0”，被修改后為“1”（即為灰色不可選狀態）。  
解決辦法：將“homepage”的鍵值改為“0”即可。

受到修改的注冊表項目為：  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/MenuExt  
下被新建了網頁的廣告信息，并由此在IE右鍵菜單中出現！
解決辦法：  
打開注冊標編輯器，找到  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/MenuExt  
刪除相關的廣告條文即可，注意不要把下載軟件FlashGet和Netants也刪除掉，這兩個可是“正常”的，除非你不想在IE的右鍵菜單中見到它們。  
9. IE默認搜索引擎被修改  
出現這種現象的原因是以下注冊表被修改：  
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Search/CustomizeSearch  
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Search/SearchAssistant  
解決辦法：  
運行注冊表編輯器，依次展開上述子鍵，將“CustomizeSearch”和“SearchAssistant”的鍵值改為某個搜索引擎的網址即可。
  
10. 查看“源文件”菜單被禁用  
惡意網頁修改了注冊表，具體的位置為：  
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer  
下建立子鍵“Restrictions”，然后在“Restrictions”下面建立兩個DWORD值：  
“NoViewSource”和“NoBrowserContextMenu”，并為這兩個DWORD值賦值為“1”。  
  
在注冊表  
HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions下，將兩個DWORD值：“NoViewSource”和“NoBrowserContextMenu”的鍵值都改為了“1”。  通過上面這些鍵值的修改就達到了在IE中使鼠標右鍵失效，使“查看”菜單中的“源文件”被禁用的目的。  
解決辦法：  
將以下內容另存為后綴名為.reg的注冊表文件，比如說unlock.reg，雙擊unlock.reg導入注冊表，不用重啟電腦，重新運行IE就會發現IE的功能恢復正常了。
REGEDIT4
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions  
“NoViewSource”=dword:00000000
"NoBrowserContextMenu"=dword:00000000
HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions  
“NoViewSource”=dword:00000000
“NoBrowserContextMenu”=dword:00000000